Análisis de la mutación D614G encontrada en secuencias del genoma completo de SARS-CoV-2 en El Salvador

Palabras clave: SARS-CoV-2, D614G, mutación, 2019-nCoV, COVID-19

Resumen

Se realizó durante el mes de octubre del 2020 la secuenciación del genoma de muestras autóctonas de SARS-CoV-2. Objetivo. Analizar in silico las mutaciones D614G en las secuencias aisladas en El Salvador. Metodología. Se analizaron secuencias utilizando la plataforma bioinformática SOPHiA-DDM-V5.7.10 para la determinación de las variantes por mutaciones con sentido erróneo.  utilizando la plataforma Nexclade beta v0.8.1. se visualizó y comparo la proteína S silvestre (D614: PDB ID: 6VXX) y de la variante mutada (D614G: PDB ID:  6XS6). El modelamiento y generación de imágenes de los detalles moleculares de las proteínas se utilizó Pymol-v1.7.2.3.   Resultados. El análisis de los cristales de la proteína S silvestre y mutada muestra diferencias a nivel molecular incluyendo la pérdida de interacciones entre el residuo G614 del dominio S1 y la treonina 859 de dominio S2, favoreciendo de esta manera la conformación abierta de la proteína S, la cual es necesaria para la interacción de S con el receptor ACE2.Conclusión. El predominio mundial de la D614G y las evidencias de laboratorio y bioinformáticas publicadas hasta la fecha, apuntan hacia una posible mayor infectividad y transmisibilidad conferida por la variante D614G detectada en las secuencias del SARS-CoV-2 en El Salvador.

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Biografía del autor/a

Carlos Enrique Hernandez Avila, Instituto Nacional de Salud - Ministerio de Salud

Investigador

Departamento de investigaciones

Instituto Nacional de Salud

Publicado
2021-01-20
Cómo citar
Hernandez Avila, C., Ortega ´PerezC., Rivera, N., & López, X. (2021). Análisis de la mutación D614G encontrada en secuencias del genoma completo de SARS-CoV-2 en El Salvador. Alerta, Revista Científica Del Instituto Nacional De Salud, 4(1), 72-77. https://doi.org/10.5377/alerta.v4i1.10683
Sección
Comunicación breve